Sì, perché JFrame/JDialog/JWindow nonostante facciano parte del framework Swing sono comunque di fatto componenti "heavy-weight" cioè si appoggiano esclusivamente sulla piattaforma nativa. Insomma la finestra "top-level" è disegnata/gestita dal sistema operativo, non centra il L&F.
Non c'è nessun modo per cambiare anche gli elementi "heavy-weight" come JFrame/JDialog/JWindow ?

ciao