Mah...prova a vedere se con un nuovo utente (quindi file di conf. nuovi) risolvi il problema. Se risolvi, portati dietro solo il file dei crediti e cancella la vecchia /home/user/.aMule
Con il pc di mio cognato ho risolto così, tanto aveva pochi crediti ed ho cestinato la cartella.
Se così ti trova un po' di roba, agli eventuali crasch del client puoi ovviare usandolo da terminale..
Io per esempio avvio solo "amuled -f" in background e poi mi collego in ssh oppure via web, oppure se vuoi c'è amulegui.
Verifica anche, se non l'hai già fatto, di avere le "freccine verdi" che magari non hai inoltrato le porte del router.
Prova anche a chiedere sul forum di aMule!

Ultima...ma proprio ultima...potresti usare eMule con wine...credo ci giri. Ma deve essere proprio l'ultima!

Ciao.