sostanzialmente tu clicchi su una voce che carica un'altra pagina.come se fosse caricata l'intera index invece che la sola pagina richiesta.
diciamo che sei nella pagina chi-siamo.php e clicchi su contatti.php e ti fa questo effetto "strano".. è normale che lo faccia perchè appunto non avendo i frame deve necessariamente ricaricare tutto, cache permettendo..