Ora che ci penso, conosci gli elementi Swing? JTextField, JButton ecc...? Deduco di no :P Le applet altro non sono che dei programmi che possono essere integrati in pagine html, ma se hai creato un programma in console non puoi modificarlo in applet, a meno che non usi componenti grafici Swing. Per Ajax credo sia un tantino più complicato per te...
ti consiglio di studiarti i componenti grafici Swing Altrimenti, per quello che so io, non è possibile avviare un programma da una pagina web, a meno che non sia un'applet... ciao