sinceramente, la questione non riguarda piu' javascript
bisognerebbe capire come e' strutturata questa tabella mysql,
come hai preventivato di ottenere porzioni dell' alberatura
cose che non riguardano javascript

ovviamente lo script lavora su filesystem, ma e' php a determinare che cerchi in cartelle

se trovi troppo difficile fare una cosa del genere cerca altri tipi di treeview
o fornisci direttamente l' intera alberatura e sfrutta un piu' semplice accordion multi livello

ciao