Per fare una cosa del genere devi avere accesso al server per installare la libreria ffmpeg-php, oppure per usare direttamente il comando ffmpeg da linea di comando.

A dire il vero esiste un'alternativa che non ho ancora avuto modo di provare:

http://phpvideotoolkit.sourceforge.net/

Dovrebbe essere una classe scritta tutta in php (e quindi ottima se non puoi cambiare la configurazione del server), ma non l'ho provata e non so dirti se funziona e se fa quello che chiedi.

ciao