siccome è possibile che mente esegui lo script Javascript il sistema stà eseguendo altre operazioni, bisognerebbe dirgli di finire tutto quello che stà eseguendo, quindi ti consiglierei di eseguire un bel Application.Doefvents prima di leggerti la select

oppure fai eseguire lo script javascript da vb.net e aspetti la fine di tale script.. se non ricordo male c'è la possibilità di invocare una funzione javascript direttamrente da vb.net solo che non l'ho mai fatto.