Forse dipende dal fatto che
aziende_sedi.sede_tipologia
in pratica non viene valutato nel primo blocco della query e quindi non è mai vero ...
prova a fare una cosa del genere:
SELECT
aziende.azienda_id,
COUNT(aziende_sedi.sede_id) AS totl,
aziende_sedi.sede_tipologia
FROM aziende
LEFT OUTER JOIN aziende_sedi ON (aziende_sedi.sede_azienda_id = aziende.azienda_id)
WHERE
aziende_sedi.sede_tipologia = 1
GROUP BY
aziende.azienda_id