Forse dipende dal fatto che

aziende_sedi.sede_tipologia

in pratica non viene valutato nel primo blocco della query e quindi non è mai vero ...
prova a fare una cosa del genere:

SELECT
aziende.azienda_id,
COUNT(aziende_sedi.sede_id) AS totl,
aziende_sedi.sede_tipologia

FROM aziende
LEFT OUTER JOIN aziende_sedi ON (aziende_sedi.sede_azienda_id = aziende.azienda_id)

WHERE
aziende_sedi.sede_tipologia = 1

GROUP BY
aziende.azienda_id