28.000 sono i secondi di attesa (8 ore) per una connessione attivata tra client e server. In pratica per non rifare la procedura di connessione tra apache (o altro client/driver) e mysql dopo l'utilizzo da parte di un client, la connessione viene tenuta in piedi ma sleepping. Se nel contempo arriva un'altra richiesta da parte dello stesso client la connessione viene riassegnata senza ulteriori formalita' se non quella di identificazione dell'utente che utilizza il client. Quindi nulla a che fare con il problema.
Server is gone away e' una mancata risposta nei tempi attesi dal client da parte del server. Prova ad aumentare max_allowed_packet nel my.ini. Di default e' settato a 1 mega.
Sempre che non ci siano altri errori come spazio su disco, errori nella tabella o altro anche se in questi casi la segnalazione potrebbe / dovrebbe essere diversa.