I collegamenti FTP usano più connessioni, una per i comandi (quelli che vedi sopra in FileZilla) e una per ciascun trasferimento in corso; quando FileZilla dà quell'errore significa che il server ha chiuso la connessione per i comandi (visto che durante il download/l'upload non stai più dando alcun comando, per cui il server chiude la connessione per evitare uno spreco inutile di risorse), ma le connessioni di trasferimento sono ancora attive. In sostanza, quindi non c'è nulla di cui preoccuparsi, il file dovrebbe essere integro.