A quando risalgono i file vecchi?
Nel frattempo hai fatto qualche installazione di software o aggiornamento?
Prova a fare mente locale, se riesci ad identificare il momento in cui ciò è avvenuto puoi provare a fare un ripristino del sistema ad una data precedente.
Forse un'installazione (anche se di prova) ti ha lasciato degli strascichi che non riesci ad identificare.