secondo me le soluzioni possibili sono 2:

1. se hai accesso al server installi l'eseguibile pdf split e lo richiami tramite la funzione system di php (secondo me è la soluzione migliore)

2. Puoi provare a vedere la classe fpdfi che ti permette di creare un pdf partendo da un originale. Questa soluzione può funzionare, ma ho paura che aprire un pdf pesante possa crearti problemi di memoria.

Ciao

edit: il link alla classe : http://www.setasign.de/products/pdf-php-solutions/fpdi/