se avessi dato un occhio alla pagina Scripts, guardando poi i link in basso, avresti trovato questo:
http://www.setasign.de/products/pdf-php-solutions/fpdi/

Direttamente dal sito:
FPDI is a collection of PHP classes facilitating developers to read pages from existing PDF documents and use them as templates in FPDF, which was developed by Olivier Plathey. Apart from a copy of FPDF, FPDI does not require any special PHP extensions.
Ergo, metti come template, ergo come "sfondo", del PDF di destinazione le pagine che ti servono

codice:
<?php
require_once('fpdf.php');
require_once('fpdi.php');

$pdf =& new FPDI();

$pagecount = $pdf->setSourceFile('TestDoc.pdf');
$tplidx = $pdf->importPage(1, '/MediaBox');

$pdf->addPage();
$pdf->useTemplate($tplidx, 10, 10, 90);

$pdf->Output('newpdf.pdf', 'D');
In realtà è probabile che finisca la memoria prima perché php non è certamente adatto a lavorare su file di queste dimensioni

Dovresti provare con C# o Java o alternativamente richiamare, tramite php, un utility che faccia questo lavoro

UPDATE:

Sul sito parlano di SetaPDF-Merger, ovvero un set di api specifico per fare quello che serve a te, ergo split/merge, raggiungibile all'indirizzo
http://www.setasign.de/products/pdf-...-with-php.html

ma è a pagamento