Senza vedere il codice non posso nulla, non sono mica un mago.
Tra l'altro non ho mai approfondito wordpress e tanto meno questo seo pack.

Però una cosa te la posso dire... solitamente il mezzo per personalizzare i meta, con plugin o a mano, è di usare variabili globali che verranno poi richiamate dal template...
quindi, dal codice del plugin vedi come si chiamano queste variabili ed eventualmente la classe (ricordati che se sono in classi, dall'esterno la sintassi è $nomeclasse->nomevariabile) e vedi anche che codice tentano di produrre (se già "taggato" o puro testo) e nel template... ovviamente non ci devi mettere dei meta di default, ma direttamente incorporare le variabili... ad esempio (prendendo nomi e circostanze a caso e presumendo tralaltro che le globali siano richiamate già in altro loco del template) nell'header del template potrebbe volerci un:
<title><? echo $seopack->title; ?></title>
<? echo $seopack->meta; ?>
Chiaro?
Un po' d'ingegno e fantasia e vedi che risolvi.

EDIT: ovviamente per verificare che tutto funzioni nei vari tentativi non aspettare le indicizzi google... controlla il sorgente delle pagine pubblicate.