Ho visto alcuni errori di sintassi: ti conviene passare dai valdatori, forse correggendo quelli risolvi.

-il DOCTYPE nn so bene ancora come impostarlo
Allora prova con la DTD XHTML 1.0 strict: in tal modo risolvi in partenza un buon numero di problemi con IE6 ed alcuni di IE7. Pero` anche la sintassi HTML e CSS deve essere poi adeguata.


-nn saprai che codici utilizzare al posto del Java Script
Stai gia` usando a:hover; i JS che usi li puoi sostituire con tali pseudoclassi.
Ma fatti un giro nelle guide (tutorial) di XHTML e CSS: e` un piccolo investimento di tempo, che ti fa guadagnare molto tempo nello sviluppo. Le guide di HTML.it non son affatto male.


E nel forum c'e` un thread chiamato "link utili": sono stati messi i link a numerosi esempi e pagine che possono essere veramente di aiuto.