in genere per l'usabilità il diversificare troppo la grafica delle pagine all'interno dello stesso sito non è cosa buona.

C'è il rischio che 'uscendo dal sito' ed 'entrando nel cms' l'utente non si ritrovi
l'utente poco "esperto" potrebbe essere indotto a pensare di non trovarsi più nel sito che stava navigando.

Logico che poi possono esserci delle eccezioni legate ai contenuti (i casi "classici" che mi vengono in mente sono istituzionale+blog o istituzionale+forum o istituzionale+e.commerce tutti sullo stesso dominio), ma secondo me è da valutare con attenzione e comunque riuscire a mantenere una linea grafica simile per tutto il sito è meglio.