Se invece vuoi confezionarti il tuo script puoi dare un'occhiata alle varie funzioni MySQL che trovi nel manuale ufficiale di PHP.
Tipo mysql_list_tables(), combinato con i comandi SQL di backup tipo LOAD DATA INFILE.

Ricorda però che il dump esegue il backup dei dati e della struttura della tabella.
Con il metodo che ti ho suggerito io, invece, ottieni solo il backup dei dati.