Non sapendo "cosa fa" il programma d'installazione, non so che dirti! Se esegue l'istruzione di "copia tutta la cartella x nella posizione C:\x" lo farà, ma se prende i singoli file, lui cercherà il file col nome lungo e ne troverà un altro...

Con quello che costa un CD, fai una prova e vedi le riconosce ugualmente quei file.