No, non è possibile.
Ciascun file rappresenta una classe e ciascuna classe genera un file .class

L'applicazione è l'insieme di tutte le classi che essa necessita.

Se vuoi un file unico devi creare un JAR, che non è altro che un file ZIP contenente tutte le classi organizzate secondo la struttura del package (con l'estensione modificata).


Ciao.