Vai su strumenti, macro, visual basic editor e aggiungi questa funzioncina

codice:
Public Function ColoreSfondo(MyCell As Range)
ColoreSfondo = MyCell.Interior.ColorIndex
End Function
Adesso in una colonna del tuo foglio scrivi

=coloresfondo(a1)

ovviamente al posto di a1 metterai la cella di tuo interesse. Trascina verso il basso così potrai filtrare su tale valore numerico corrispondente al colore di sfondo delle tue celle.

edit. Avevo dimenticato di chiudere il tag code.