In che senso scusa?

Innanzitutto che server stai usando windows o linux?

Le directory in genere non hanno filesystem, ma se mai è il disco (o la partizione) nel quale risiedono ad avere filesystem.

Se ad esempio hai come sistema operativo windows su C, e hai una partizione D nella quale hai installato linux, e hai formattato quella partizione con filesystem ext3 o reiser (tipiche di linux) non è php che non è in grado di leggere la partizione D, ma proprio windows. (infatti non dovresti essere in grado se non attraverso qualche programma di terze parti di leggere la partizione nemmeno dall'esplora risorse di windows).

Spero di aver capito, altrimenti chiarisci meglio la situazione

ciao