inzia a scomporre il tuo problema in fasi

1 - dichiaro la matrice ( se utilizzo la forma int matrice[righe][colonne] lo devo fare staticamente)
2 - popolo la matrice
3 - creo un nuovo file
4 - scrivo la matrice sul file ( per esempio riga per riga se a priori conosco le dimensioni della matrice)
5 - chiudo il file
6 - mi bevo un caffè

ciao
sergio