Se fai un rewrite di queso tipo (con directory fittizie) non ti conviene usare gliurl realtivi, creano molti problemi... ogni url dovresti perlomeno farlo partire dalla root con uno / iniziale, ad esempio uno /index.php ti verrà mandato alla home del dominio.

Comunque se tutto ti funziona col tag <base href> (che io non ho mai usato) puoi provare a lasciare così e vedere poi che ne pensa google... dalla diagnostica del centro webmaster ti indicherà tutti gli errori e vedrai se ha interpretato correttamente o no.