OK, allora il mio errore è stato creare una partizione ma non di avvio.
Dovevo creare una partizione, formattarla con il comando format e:/s in modo da copiare i file DOS per l'avvio.
Una volta formattato la partizione E e resa di avvio posso salvare il programma GHOST e la cartella contenente il clone della partizione C

Una volta fatto questo posso modificare il boot della partizione primaria (C)
nel seguente modo:

multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro soft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\RECOVERY="Reco very CD Windows XP Professional" /fastdetect

Correggimi se sbaglio.
Faccio delle prove intanto.
Grazie