Si ma c'è un problema di base: in un DIV o dichiari la classe o il selettore.
Quindi o scrivi div class oppure div id.
Questa mia precisazione non è per un problema di PHP, ma di layout e di CSS.
Non capisco cosa intendi dire alcio74 .
I selettori di identità possono essere utilizzati una sola volta, ad esempio se creo un selettore chiamato display1 posso utilizzarlo in una sola parte della pagina, invece le classi posso dichiararle anche più volte nella stessa pagina, ma nel caso di essezeta il selettore cambia ogni volta, perchè in ogni esecuzione del ciclo for la variabile $i verrà incrementata di 1:

Codice PHP:
echo "<div class=\"box\" id=\"display".$i."\"> "; 
La prima volta sarà display1, poi diventerà display2 e così via, in parole povere, ogni box avrà il suo identificatore diverso, il problema nasceva se veniva usata più volte la stessa identità per 2 o più div.

C'è però un altro problema, dato che non si conoscono in anticipo il numero di box da mostrare, sarà un pò difficile creare il foglio di stile per tutti quei livelli; certo se ne sono 3 o 4 si può creare un foglio di stile in cui si dichiarano i 3 o 4 selettori, ad esempio display1, display2, display3 e così via che poi verrani utilizzato nel caso in cui si abbia la necessità, altrimenti, supponendo che tutti i box avranno lo stesso stile, dovrai generare dinamicamente anche il foglio di stile, ad esempio inserendo qualcosa del genere tra i tag <head></head>:

Codice PHP:
//recuperi il numero di file utilizzando il metodo che ti ho detto prima
$num_tot_file=$x;
//recuperi il nome dei file
$file[]=$y;//array con il nome dei files

echo "<style type=\"text/css\">";
for($i=0; $i<=$num_tot_display; $i++){ 
    echo"#display$i{stile1:stile; stile2:stile;}";
}
echo "</style>";