apre un nuovo documento perche' richiami document.write a documento gia' renderizzato,
mentre quando lo richiami la prima volta, run-time, scrive nel documento corrente

mantenendo il tutto il piu' semplice possibile,
in qualche modo devi poter risalire al link o all' immagine che fai scrivere la prima volta al termine della temporizzazione
quindi per comodita' assegna un id all' immagine e fai riferimento al link come suo parentNode
codice:
function Stampa()
{
	// Crea un numero a caso e seleziona il banner con quel numero
	var Num = Math.round(Math.random() * (Banners.length - 1));
	var Banner = Banners[Num];

	if(!document.getElementById('mioBanner')){
		document.write('[img]'+Banner[2]+'[/img]');
		setInterval(Stampa,5000);
	}
	else {
		var imgBanner=document.getElementById('mioBanner');
		imgBanner.src=Banner[2];
		imgBanner.alt=Banner[1];
		imgBanner.parentNode.href=Banner[0];
	}

}
ciao