Questa

adiacenze=nuova_adiacenze;

e' sbagliata (logicamente) perche' cosi' perdi il riferimento alla matrice adiacenze che hai allocato ...

Quali sono i passi logici che vuoi compiere nel ciclo? Ad esempio

Creazione nuova matrice

Copia della vecchia matrice nella nuova

Eliminazione della vecchia matrice

e soprattutto perche' ? Mi manchera' qualche informazione ma perche' creare una nuova matrice e copiarci quella vecchia ... ? Non puoi usare la vecchia ?