Si hai ragione, a breve saranno online anche tutti i contenuti che vengono creati dinamicamente.
Una domanda: l'indicizzazione va a guardare tutte le pagine del server?
Se sono tutte in php, quindi estraggono dati dal database e hanno dei link fissi, vengono lette o saltate?
Cosa si consiglia per siti dinamici?
Dipende dalla struttura... a meno che non le escludi tu tramite meta robots, dovrebbe indicizzarle teoricamente tutte... teoricamente perchè poi conta se son linkate in html puro, se hanno un minimo di contenuto originale, quanto è forte (in termini di backlink) la pagina che le linka, etc... in particolare per il fatto che siano dinamiche l'unico problema può esser dato da url con troppi parametri (ma ultimamente non è più un problema) o da parametri in ordine diverso che creano più url per un'unica pagina... consigliabile una riscrittura coerente di tutte le url pubbliche.

PS. ora ho un problema enorme, tu sei riuscito a vedere il sito di mga? Se si ti spiego
Ora l'ho visto... se il problema è su flash, premetto che non ti so rispondere.

EDIT: per mezz'ora mi dava pagine non trovate apache bla bla bla... dici che era un problema di aruba??
Io in effetti prima ho visto una home predefinita di apache... non so dirti così a fiuto di chi fosse il problema.