Zakyria: usando pochissimo flash, non sono in grado di darti una risposta sicura; ma se mi dici che quello inserito direttamente dal template si vede e che quelli chiamati dal principale non si vedono, sarei pronto a scommettere che c'è un problema di percorsi. In altre parole, che devi richiamare i flash con il percorso assoluto (es. /images/flash/nomeflash.swf) piuttosto che semplicemente con il nome. Prova così e poi vediamo.

Andia: crei semplicemente un nuovo modulo "custom", cioe di testo semplice: e poi ci metti dentro l'HTML che ti serve. ATTENZIONE: come ho scritto, devi usare l'editor non-wysiwyg altrimenti in qualche modo il codice viene modificato (anzi, se qualcuno sa come mai sarei felice di saperlo).
Io per comodità ho creato un utente amministrativo apposito che ha nelle impostazioni l'utilizzo di "Nessun editor wysiwyg" e uso quello per inserire i moduli flash.