beh, nella pagina principale un index.php ci deve essere, perché il WebServer, se non viene specificato un file va a cercare:

index.html
index.htm
index.xhtml
index.php
index.qualcosaltro tipo cgi
etc

il primo che trova lo passa la browser.

In quel file alla fine dovrà uscire un documento HTML perché il browser lo interpreti, ma per evitare di dover scrivere in ogni pagina:

<html>
<head>
<title>...

<script...
<link...
<style..


di solito si fa:

index.php
Codice PHP:
<html>
<head>
<?
   include("head.inc.php"); 
?>
</head>
<body>
<?
  $page = $_GET['page'];
  include("template.inc.php");
?>
</body>
</html>
questo sostanzialmente va a generare una pagina HTML prendendo i file scritti in include() e mettendoci proprio in contenuto al posto dell'istruzione.

Comunque, qui stiamo andando off-topic, se devi fare domande su PHP posta nel forum di PHP.