Un rallentamento del genere è da imputare, generalmente, a risorse hardware insufficienti...
Controllerei, ad esempio, che le barre di RAM (presumo preesistenti) siano compatibili con la nuova scheda madre, o che siano fissate correttamente... Viceversa potrebbe funzionare solo una barra su due e quindi il sistema arranca...
Durante la sessione non risenti di rallentamenti nel caricamento di finestre o programmi, i video sono fluidi?