Sinceramente....In Europa non esiste il copyright sul codice ( non come in America ) e per questo ringrazio l'Europa intera e spero che continui a combattere in questa direzione come sta facendo nell'ultimo periodo per un nuovo attacco di richiesta di copyrigth.

Per Java e Javascript il fatto di proteggerli diventerebbe uno stimolo come detto da br1 e non otterresti quello che davvero vuoi....
Al più sfrutta le licenze, quindi rendi il tuo codice pubblico, senza nessun problema e richiedi che venga posto la tua licenza ( quelle usate da Sun, Apache e free software in generale ) in modo che tu, anche se utilizzano il codice perfetto abbia un riconoscimento....Infatti non c'è miglior cosa che esser riconosciuto e fare strada....guarda le varie versioni di Linux.
Al più se proprio vuoi metti una versione Free ( Privati ) ed una Business, ma non metterti a proteggere il codice, sarebbe perfettamente inutile....Chi per divertimento o lavoro non ci mette due secondi a prenderti il codice, decriptarlo e solo per il gusto di farlo spararlo ai 4 venti, mandandoti il report delle sue "malefatte". Lo fanno di mestiere e studiano ogni nuova teconologia di cripting ed ovviamente il workaround della stessa....

Ripeto, free software.
Poi magari fai la "bella vita" delle varie distro "intelligenti" di Linux/Unix/Ecc..

Codice Libero e Programmazione Agile Rock!!!