PHP e MySQL vengono utilizzati per generare HTML, quindi se il codice è ben scritto non esiste alcuna differenza dato che lo spider interpreterà esattamente allo stesso modo la pagina.

L'unica eventuale differenza può essere data dal passaggio di parametri nelle url delle pagine e la coseguente presenza di url troppo lunghi e poco inerenti all'argomento trattato, per ovviare si può ricorrere all'url_rewriting o a tecniche differenti per il passaggio di parametri

l'effetiva penalizzazione per questo tipo di url però non credo sia mai stata provata e si tratta più di una supposizione generale che un dato di fatto.