Ho visto il sito: come supponevo, il motore ha indicizzato non solo le pagine con l'indirizzo giusto /pagina.php ma anche questi strani indirizzi: /pagina.php/

Il fatto che ci sia la / in fondo spiega il problema del css che non si vede.

Vedendo il sito non sono riuscito a capire da dove li prenda, comunque dovresti fare in modo che questi non rendano correttamente la pagina, ma errore 404. Così poco a poco spariranno e rimarranno solo i risultati corretti.