Va bene che siano uguali.

Pero', in questo caso, l'errore e' strano ... mi sa proprio che avviene per un motivo non legato alla fgets ...

Per capire in maniera definitiva, servirebbero le informazioni che ti sono state chieste e che hai detto che inviavi (la struttura ? l'errore ?). Se puoi, anche uno zip con il file che viene letto e il source (il progetto) per effettuare il debug ...