Affinchè il validatore non interpreti come html una istruzione javascript che contiene, come stringhe, aperture e chiusure di tag html, devi 'fregarlo', scrivendo i tags 'a rate':
codice:
document.write("<" + "span id='s"+i+"' style='position:absolute;top:-"+snowmaxsize+"'>"+snowletter+"<" + "/span>")
Cos&igrave; dovrebbe funzionare.

HTH
Zappa