in fase così avanzata devono esserci ottimi motivi per cambiare il doctype
passare da un doctype xhtml1.0 (standard attuale) ad uno html4.01 con system identifier (che non è affatto attuale) significa rischiare (di poco) vedere le pagine rese in modo incoerente.

Guarda questa tabella di compatibilità
http://en.wikipedia.org/wiki/Quirks_mode

e valuta la differenza tra un doctype xhtml e non xhtml

eventualmente, se proprio dovrà essere un doctype html, prova a suggerire di usare quello strict
codice:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" 
"http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">