c'è qualcosa che non va nei tuo select !!
ho lavorare con DB molto più grossi, ma non ho avuto problemi del genere
se sei sicuro che le tue query sono corretti, allora cambia server !
che motore usi ? MyISAM, InnoDB ? ti consiglio di leggere http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...e-engines.html
saluti