Credo che una volta aperto non dovrebbero crearsi problemi perche la funzione per la lettura dei msg è impostata in modo tale che una volta letto viene eseguito un update sul campo letto per cui al successivo controllo , a meno che non siano arrivati nuovi msg non letti, non trova il testo "S" nella pagina condizione_popup.php ma bensi "N". quindi a quel punto lo state onchange non verra attivato.
Ancora non ho testato ti faccio sapere.
Grazie ancora e buon lavoro.