Dipende da cosa intendi effettivamente ...

Un programma VB.NET (un .exe) per il comando

Shell

di VB6 non e' differente da altri programmi (come il Notepad o Word ...).

Quindi puoi scrivere

Shell "TuoProgramma"

senza problemi (naturalmente il framework e tutte le librerie del programma .NET devono esistere, cosi' come dovrebbero esistere se lo eseguissi senza VB6)