Ragazzi ho risolto, non ci crederete ma era la posizione del:

codice:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" 
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
Che stava DOPO alcune registrazioni di UserControls e non prima.

codice:
<%@ Register TagPrefix="xx" TagName="yy" Src="../../.......ascx" %>
<%@ Register TagPrefix="xxx" TagName="yyy" Src="../../.......ascx" %>
<%@ Register TagPrefix="xxxx" TagName="yyyy" Src="../../.......ascx" %>
Il perchè non chiedetemelo perchè non lo conosco