Vuoi leggere due byte ?
codice:
typedef union _Word {

   short value;

   struct {

      char byte[2];

   }sBytes;

}uWord;
Così sei sicuro siano due byte.
Poi usi fread (che è meglio visto che usi file binari ...):
codice:
uWord word;

fread(&word.sBytes, sizeof(word.sBytes), 1, file_pointer);
e accedi al valore, con:
codice:
printf("%d\n", word.value);
e puoi accedere ai singoli byte, con:
codice:
printf("Byte1: %d, Byte2: %d\n", word.sBytes.byte[0], word.sBytes.byte[1]);