Partiamo dal punto 2.
Per cancellare un file basta usare UNLINK().
Ma forse a te basta sostituire la lettera che indica la modalità di scrittura che usi in FOPEN().
Usando W il puntatore di scrittura viene messo all'inizio del file, che viene trocato a lunghezza 0, per cui tutto viene sovrascritto.

Per quello che riguarda il punto 1.
Non ho ben capito cosa intendi.
Usando la funzione FILE(), ogni riga del tuo file di testo viene inserita in una riga di un array.
Puoi ciclare questo array e fare un explode per il simbolo che caratterizza la separazione tra le varie informazioni.
Usare un oggetto o meno, non ti risolve il problema, se il tuo è quello di capire come andare a scorrere questo array.