che tipo di sito devi realizzare? se e' a livello amatoriale puoi anche fare un po' di pratica, altrimenti non rischiare, potresti incorrere in gravi problemi di sicurezza etc...
Se ti serve un sito in cui vuoi usare include php

usa un file index.php, includi header e footer
definisci le pagine del tuo sito e usa la variabile GET per ottenere la pagina richiesta, per es. $_GET['chi siamo']
cosi la pagina "chi siamo" sara' accessibile cosi
www.tuosito.com/index.php?pagina=chi siamo
il file index.php includera' la richiesta fatta
poi con un po' di URL rewriting poi ti costruisci un sistema per url piu efficaci es.
www.tuosito.com/chi siamo/

ricordati della sicurezza e di UTF encoding per gli URL
altrimenti usa un CMS