Ti crei lo script che esegue le istruzioni sql da eseguire.
Tipo
$tables = array ("pippo", "pluto", "paperino");
Puoi anche generare la array in modo dinamico senza doverla scrivere a mano volendo.

fai un loop che ti crea le query.

for ($i=0;$i<count($tables);$i++) {
$q = "ALTER TABLE ".$tables[$i]."_autonews ...";
mysql_query ....
}