fai una funzioncina del tipo:

codice:
function checkOrUncheck()
{
  var value = this.checked;
  var allInputs = document.getElementsByTagName("input");
  for(i = 0; i < allInputs.length; i++)
  {
     if(allInputs[i].type.toLowerCase() == 'checkbox')
     {
        allInputs[i].checked = value;
     }
  }
}
poi l'associ al checkbox:

<input type="checkbox" id="CheckUncheckAll" />
<script type="text/javascript">
document.getElementById("CheckUncheckAll").onclick = checkOrUncheck;
</script>

Dovrebbe andare.

(N.B. la funzione checkOrUncheck trova TUTTI gli input type checkbox, quindi se ne hai degli altri che non fanno parte della form, verranno selezionati anche quelli)