Forse sono arrivato alla soluzione che volevo...
codice:
SELECT cod_cat, cod_sott, COUNT(id_helpdesk) AS numero, priorita, AVG(data_stop) AS media_stop, AVG(data_inizio) AS media_avvio
FROM mod_helpdesk
WHERE stato='4'
GROUP BY cod_cat,cod_sott,priorita
e poi da PHP mi calcolo la differenza al volo che non è più un problema. Tanto la differenza delle medie dovrebbe essere uguale alla media delle differenze, giusto?