non esiste alcuna possibilità per ubuntu di interferire con il regolare funzionamento di windows ne viceversa di windows di interferire con ubuntu , il tuo problema è puramente casuale sia nato contemporaneamente all' installazione di ubuntu ed è causato da infezione di natura virale di windows . Fagli una radicale scansione antivirus e se il caso reinstallalo ex novo, se per ora è solo Nero a darti problemi potrebbe anche essere sufficente disistallarlo deltutto e reinstallarlo.