cerca un div che li racchiuda tutti e 6 e usa quello

oppure scrivi direttamente
var bannerLinks = document.getElementsByTagName('a');


oppure, meglio ancora, modifica il codice così

codice:
function leggiBannerLinks(id) {

            /* limita la ricerca di link ad un'area e non al documento intero */
            var bannerLinks = document.getElementById(id).getElementsByTagName('a');
            var i           = bannerLinks.length;

            while (i--) {
                var id = bannerLinks[i].id || '';
                if (typeof urls[id] !== "undefined") {
                    bannerLinks[i].href = urls[id];
                }
            }

        }

	window.onload = function() {
              leggiBannerLinks('div_alto'); /* chiamata alla funzione */
              leggiBannerLinks('div_basso'); /* chiamata alla funzione */
        }