e' da un po' che ci penso, ma se il problema è in questi termini, non vedo altre soluzioni:

il codice html che ricevi da php lo "inietti" in un div nascosto.

Quindi con javascript ti dovresti ritrovare a fare il confronto tra il contenuto di 2 div. In questo modo dovresti avere la certezza che i testi vengano trasformati allo stesso modo.